В отделении детской Кардиохирургии выполняется весь спектр кардиохирургических вмешательств при врожденных пороках сердца. Команда детских кардиохирургов успешно оперирует самые сложные врожденные пороки, включая многоэтапные процедуры, опытом которых обладают единичные центры в центральной Азии. Высокий профессионализм и слаженность команды, высокотехнологичное оснащение и использование передовых методов лечения позволяют детским кардиохирургам клиники AKFA Medline постоянно расширять возрастные границы для выполнения оперативных вмешательств. Специалисты отделения имеют опыт хирургического лечения детей первых дней жизни: самый маленький пациент, которому была проведена успешная операция в условиях искусственного кровообращения, весил 2100 г. Также в отделении активно используют миниинвазивные доступы при коррекции врожденных пороков сердца в условиях искусственного кровообращения – министернотомию при закрытие дефекта межжелудочковой перегородки и  боковую торакотомию при закрытии дефекта межпредсердной перегородки, коррекция неполной формы открытого атриовентрикулярного канала и коррекции частичного аномального дренажа легочных вен.

На базе клинике активно развивается эндоваскулярное направление коррекции врожденных патологий. В условиях рентгеноперационной специалисты отделения выполняют процедуры по закрытию окклюзирующими устройствами дефекта межжелудочковой перегородки, дефекта межпредсердной перегородки, открытого артериального протока, артериовенозных фистул любой локализации. 

При лечении сложных сочетанных врожденных пороков сердца у пациентов с высоким риском осложнений специалисты отделения используют гибридные процедуры, объединившие две методики: эндоваскулярную и традиционную «открытую» хирургию в условиях искусственного кровообращения или без него.

Сотрудники отделения реализуют совместные научные программы с многими зарубежными научно-исследовательскими институтами как Российской академии наука также американскими и европейскими зарубежными коллегами. Результаты работы специалисты ежегодно презентуют на конгрессах международного уровня.